Windows 98第三版（常被误称为“Windows 98 SE”的后续版本）实际并未由微软官方发布。Windows 98的最终正式版本是第二版（Windows 98 Second Edition，简称SE），于1999年发布，新增了Internet Connection Sharing、改进的USB支持和IE5等特性。所谓的“第三版”可能是非官方修改版或用户误解。Windows 98 SE作为经典操作系统，奠定了家用PC的多媒体与网络功能基础，直至被Windows Me和2000取代。微软未开发后续版本，主流支持于2002年终止。